第二種貨物利用運送事業とは、自社で幹線輸送のハードを持たず、鉄道・航空・船舶などの輸送機関とトラックによる集荷・配達を組み合わせ、荷主に対して戸口から戸口までの一貫輸送責任を負う事業を指します。

この事業は、単一の輸送機関の手配に留まる第一種貨物利用運送事業とは異なり、主要な幹線輸送と端緒・末端のトラック輸送を有機的に連携させる点が大きな特徴です。経営を始めるには第一種の「登録」より厳格な、国土交通大臣の「許可」が必要となります。荷主にとっては、複数の運送会社と個別に契約する手間を省き、窓口を一本化してシームレスなマルチモーダル輸送（複合一貫輸送）を利用できるメリットがあります。一方で、事業者側はアセットを持たない代わりに、運送中の荷物に対する全責任を負うため、高度な運行管理と強固な協力会社ネットワークの構築が求められます。

トラックドライバーの労働規制強化に伴う輸送力不足や、脱炭素に向けたグリーンロジスティクスの推進から、環境負荷の低い鉄道や船舶への「モーダルシフト」が急務となっています。この事業は、デジタル技術（DX）による動態管理やAIを用いた混載・ルート最適化と組み合わされることで、長距離輸送の維持と持続可能な物流ネットワークの構築を牽引する中核としての役割を担っています。