コンテナ扱いとは、輸出入の税関手続きにおいて、貨物をコンテナに格納した状態のままで申告および検査を行い、税関の許可を受ける取扱いのことです。保税地域でのデバンニング（貨物の取り出し）や詰め替えの手間を省くことで、迅速な通関を実現します。

この仕組みは、主にコンテナ1個を貸し切るFCL（Full Container Load）貨物で適用されます。最大のメリットは、貨物をコンテナから出し入れする荷役作業を大幅に削減できる点です。これにより、作業コストの削減だけでなく、貨物の破損や紛失、盗難といったリスクを最小限に抑えられます。また、通関手続きのスピードが向上し、国際物流全体のリードタイム短縮に直結します。一方で、複数の荷主の貨物を相乗りさせるLCL（Less than Container Load）貨物では、コンテナから一度取り出して個別に申告する必要があるため原則適用されません。また、税関による大型X線検査の対象に指定された場合は、検査場への輸送が必要となる点に留意が必要です。

物流の働き方改革やそれに伴う港湾やドライバーの労働力不足を背景に、港湾滞留時間の削減が強く求められています。こうした中、コンテナ扱いは、IoTセンサーを搭載した「スマートコンテナ」による動態管理や、税関のAEO制度（認定事業者制度）と融合し、より高度なDXとペーパーレス化が進んでいます。コンテナのままシームレスに輸送・通関できるこの仕組みは、モーダルシフトを促進し、CO2排出量を削減するグリーンロジスティクスの観点からも極めて重要な役割を担っています。